Після загибелі однієї з підопічних професора Чарльза Ксав’єра Джин Грей, між учнями з’явилося багато непорозумінь. Одного разу Скотт Саммерс – “Циклоп”, який був хлопцем Джин, відправляється на місце її загибелі. Там він стає свідком того, як вона воскресає в образі Темного Фенікса, перейшовши тим самим абсолютно на новий рівень мутації.

Професор Ксав’єр розуміє, що тепер Джин дуже сильна і не керована, що ставить під удар все людство. В цей час людям вдається знайти ліки, здатні перетворити всіх мутантів на звичайних людей, тим самим позбавивши унікальних здібностей. Попереду на людство, підопічних Ксав’єра і Магнето чекає битва, яка, нарешті, вирішить результат всієї війни.