Загін «G.I. Joe» продовжує боротися зі злочинними і терористичними угрупованнями, які прагнуть похитнути світовий баланс. Після того, як вони виконують чергове завдання, на їх місце дислокації здійснюється напад, і майже всі члени загону гинуть. Але ті, що вижили не збираються подію просто так залишати, і починають розслідування, яке приводить їх до Білого Дому …