После гибели  одной из подопечных профессора Чарльза Ксавьера Джин Грей, между учениками появилось много разногласий. Однажды Скот Саммерс по прозвищу «Циклоп», который был парнем Джин, отправляется на место ее гибели. Там он становится свидетелем того, как та воскресает в облике Темного Феникса, перейдя тем самым совершенно на новый уровень мутации.

Профессор Ксавьер понимает, что теперь Джин очень сильна и не управляема, что ставит под удар все человечество. В это время людям удается найти лекарство, способное превратить всех мутантов в обычных людей, тем самым лишив уникальных способностей. Впереди человечество, подопечных Ксавье и Магнето ждет решающая битва, которая, наконец, решит исход всей войны.