Отряд «G.I. Joe» продолжает бороться с преступными и террористическими группировками, стремящимися покачнуть мировой баланс. После того, как они выполняют очередное задание, на их место дислокации совершается нападение, и почти все члены отряда погибают. Но выжившие не собираются произошедшее просто так оставлять, и начинают расследование, которое приводит их в Белый Дом…